Мікробіом ротової порожнини: навіщо секвенування нового покоління (NGS) і коли його призначати в стоматології

Ротова порожнина — окремий мікробний всесвіт

Порожнина рота містить понад 700 видів бактерій і є другою за мікробним різноманіттям нішею організму людини після кишечника. Ключова відмінність від кишкового мікробіому — шість анатомічно ізольованих мікросередовищ: ясенна борозна, піддесневі кишені, спинка язика, щоки, тверде піднебіння. Кожне має власний мікробний профіль і власні клінічні наслідки при його порушенні.

Для стоматолога-практика це означає: сумарний «змив з рота» не дає жодної корисної інформації. Клінічне питання завжди звужене до конкретного місця — ясенна кишеня, зона імпланта, корінь зуба, поверхня язика — і до конкретного завдання: вибір антибіотика, рішення про хірургію, оцінка ризику перед імплантацією.

Саме ці завдання і вирішує молекулярно-генетична діагностика — секвенування нового покоління (СНП) мікробіому ротової порожнини.

Чому звичайні методи недостатні

В арсеналі стоматологічної мікробіологічної діагностики традиційно два інструменти — і обидва мають принципові обмеження:

• Бактеріологічний посів — культуральний метод виявляє виключно ті мікроорганізми, що здатні рости в лабораторних умовах. Основна маса пародонтальних патогенів — облігатні анаероби; вони гинуть при контакті з киснем іще на етапі транспортування, тому у стандартному посіві їх немає. Метод дає неповну і нерідко хибно-безпечну картину.
• Мультиплексна реакція полімеразного ланцюга (цільова панель) — точна і швидка, але обмежена переліком мікроорганізмів у панелі, зазвичай 5–15 видів. Все, що поза панеллю, залишається невидимим: наприклад, Solobacterium moorei — головний продуцент сірковмісних сполук при галітозі — до стандартних панелей не включений.

Секвенування нового покоління усуває обидва обмеження. Метод аналізує всі ДНК у зразку, ампліфікуючи варіабельні ділянки гена 16S рибосомальної РНК, і порівнює отримані послідовності з базою eHOMD (Розширена база даних орального мікробіому людини) та SILVA. Результат — кількісний профіль усього мікробного пейзажу: понад 500 видів одночасно, з відносною рясністю кожного.

Як читати результат: дві класифікаційні системи

Перелік сотень видів без клінічного контексту — не більше ніж великий список. Клінічна цінність результату залежить від того, яку інтерпретаційну рамку застосовує лабораторія.

Комплекси Socransky — базовий рівень

У 1998 році Socransky та співавтори проаналізували 13 261 зразок піддесневої біоплівки і показали: бактерії існують не як випадковий набір, а як стійкі мікробні комплекси з різним патогенним потенціалом.

• Червоний комплекс (Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, Treponema denticola) — головний маркер активного пародонтиту. gingivalis інактивує систему комплементу і при невисокій загальній рясності перебудовує весь склад біоплівки.
• Оранжевий комплекс (Prevotella intermedia, Fusobacterium nucleatum, Parvimonas micra та ін.) — «місток»: створює умови для колонізації червоного комплексу.
• Жовтий комплекс (Streptococcus mitis, gordonii) — захисна флора. Через продукцію пероксидів конкурентно стримує патогени; його зниження — ранній сигнал дисбіозу.
• Зелений і фіолетовий комплекси — переважно нейтральна флора ранніх колонізаторів.

GF-MoR 2024 — нова рамка для нозологічної стратифікації

У 2024 році Fernandes і співавтори запропонували систему GF-MoR («Маркери роду і сімейства ризику»), що ґрунтується на аналізі 174 метагеномних наборів і виявляє 67 мікробних кластерів, що відповідають конкретним нозологіям — від пародонтиту до пері-імплантиту та системних захворювань. Три ключові маркери системи:

• Червоний трикутник — чотири «хабові» патогени, що присутні у всіх кластерах захворювань: gingivalis, T. denticola, T. forsythia, Streptococcus anginosus.
• Чорний прямокутник — маркери прогресування: Prevotella, Eggerthella, Selenomonas spp.
• Синій квадрат — нові таксони з патогенним потенціалом, яких не було в класифікації Socransky.

Практичне правило: Socransky відповідає на питання «що і наскільки патогенно», GF-MoR — «до якого діагнозу це найближче». Разом вони дають повну клінічну картину.

Коли призначати: доказові показання

1. Рефрактерний пародонтит ступеня тяжкості III–IV — вибір антибіотика

Настанова EFP S3 (Європейська федерація пародонтології) чітко обмежує показання до системної антибіотикотерапії: вона виправдана не всім пацієнтам з пародонтитом, а лише тим, у кого конкретні мікробіологічні умови. Данi Aimetti 2026 з реальної когорти (131 пацієнт за протоколом EFP S3): 50% не досягли клінічного ендпоінту після перших двох кроків терапії — саме вони є кандидатами на системні антибіотики.

Секвенування нового покоління дозволяє персоналізувати вибір:

• Домінування Aggregatibacter actinomycetemcomitans >1% → амоксицилін з метронідазолом.
• Переважання червоного комплексу без actinomycetemcomitans → метронідазол або комбінація.
• Оранжевий комплекс без червоного → більш консервативна тактика.
• Виявлення маркерів потенційної антибіотикорезистентності у пацієнтів з навантаженим антибіотичним анамнезом.

2. Контроль ефективності пародонтологічного лікування

Глибина зондування, рівень клінічного прикріплення, індекс кровоточивості — традиційний набір показників ефективності. Відтворюваність між різними клініцистами: близько 80%. Отже, 20% «клінічного покращення» можуть бути артефактом вимірювання.

Мікробіомний профіль до і після — кількісний, відтворюваний маркер. Дослідження Duran-Pinedo 2022 показало, що зниження частки червоного комплексу після зняття піддесневих відкладень корелює зі стійким клінічним результатом через 6 місяців. Показання: неоднозначний клінічний результат через 3–6 місяців після перших двох кроків; прийняття рішення щодо хірургічного втручання.

3. Імплантологія: ризик-оцінка і моніторинг пері-імплантиту

Мета-аналіз Serroni 2024 (12 проспективних когорт): анамнез пародонтиту підвищує ризик відмови імпланта у 1,68 рази і ризик пері-імплантиту у 2,31 рази. Додатково Kotsakis і Ganesan (Journal of Dental Research, 2025) встановили, що мікробний пейзаж при пері-імплантиті відрізняється від пародонтитного навіть при ідентичних клінічних параметрах — а отже, потребує окремої діагностики.

Три конкретні сценарії:

• Пацієнт з активним або перенесеним пародонтитом перед плановою імплантацією — оцінка залишкового патогенного резервуару.
• Ранній пері-імплантит без рентгенологічних змін — допомагає вирішити між консервативним та хірургічним підходом.
• Рецидивуючий пері-імплантит — кількісна оцінка мікробіомної відповіді на лікування.

4. Галітоз, резистентний до базової терапії

Понад 85% випадків хронічного галітозу мають оральне походження. Головні продуценти летких сірковмісних сполук — Solobacterium moorei, Atopobium parvulum, Fusobacterium nucleatum. Проблема: жоден з них не входить до комерційних мультиплексних панелей. Рандомізоване клінічне дослідження Bachtiar 2022 підтвердило пряму кореляцію між рясністю S. moorei і концентрацією сірководню та метилмеркаптану у видихуваному повітрі — метод дозволяє ідентифікувати мішень і підібрати специфічну терапію.

5. Множинний кореневий карієс у літніх пацієнтів

Відкрита поверхня кореня залучає принципово інший мікробний склад порівняно з коронковим карієсом. Дослідження Ji 2025 ідентифікує «кореневу мікробіомну сигнатуру»: Atopobium rimae, Propionibacterium acidifaciens, Pseudoramibacter alactolyticus поруч із класичними Streptococcus mutans. При переважанні S. mutans — обґрунтовані препарати фтору і хлоргексидин; при переважанні Atopobium — підбір альтернативних антимікробних засобів.

6. Цукровий діабет 2 типу з рефрактерним пародонтитом

Зв’язок «пародонтит ↔ цукровий діабет 2 типу» є двостороннім і добре встановленим. Li 2020 показав, що у хворих на діабет формується специфічна оральна мікробіомна сигнатура: надлишок Fusobacterium і Treponema на тлі зниженої частки захисних стрептококів. При рецидивуючому пародонтиті і нестабільному глікемічному контролі (HbA1c >7,5%) мікробіомний аналіз допомагає зрозуміти — пародонтит не відповідає на лікування через мікробіологічний чинник чи через метаболічний фон.

7. Агресивний пародонтит у молодих пацієнтів

Швидке руйнування пародонту у пацієнтів до 35 років без відповідної кількості нальоту — клінічна ознака атипового патогену. Мета-аналіз Mehta 2023 (32 дослідження, 3 247 пацієнтів) встановив, що JP2-клон Aggregatibacter actinomycetemcomitans підвищує ризик ювенільного пародонтиту у 4,2 рази. Застереження: у білій українській популяції JP2 зустрічається рідко — він поширений переважно у вихідців з Північної Африки. Проте при типовій клінічній картині секвенування нового покоління виключає JP2 та виявляє інші атипові збудники.

8. Системні захворювання — дослідницький напрям (Рівень C)

Асоціації між оральними патогенами і системною патологією задокументовані у низці великих досліджень: P. gingivalis у мозкових тканинах при хворобі Альцгеймера (Dominy 2019); Fusobacterium nucleatum при колоректальному раку (Abed 2020); оральні патогени в атеросклеротичних бляшках (Schenkein 2020). Однак жодне з цих спостережень не має ще клінічного протоколу з встановленою терапевтичною значущістю. Секвенування нового покоління орального мікробіому при системних захворюваннях без оральної клінічної симптоматики залишається у сфері досліджень, не рекомендацій.

Підсумкова таблиця: коли призначати, а коли ні

Рівні доказовості: B — проспективні когорти та обсерваційні дослідження помірної якості, клінічні настанови; C — крос-секційні та асоціативні огляди.

Правила забору матеріалу

Преаналітика — найчастіша причина неінформативного результату. Помилка у виборі матеріалу або порушення підготовки пацієнта зводить нанівець точність методу.

Який матеріал і звідки

• Пародонтит: паперові штифти витримати у клінічно уражених кишенях ≥30 секунд.
• Пері-імплантит: паперові штифти або мікробіопсія з приімплантатної борозни.
• Галітоз: зішкріб зі спинки язика + зразок з ясенної борозни у двох окремих пробірках.

Важливо: зразки з різних анатомічних зон — у різні пробірки.

Підготовка пацієнта

• За 4 тижні — закінчити курс антибіотиків і протигрибкових препаратів.
• За 2 тижні — закінчити прийом пробіотиків.
• Напередодні ввечері — звичайне чищення зубів без антисептичного ополіскувача.
• Вранці в день забору — не чистити зуби, не їсти та не пити нічого, крім чистої води, за 2 години до забору.

Зразок у стабілізуючому буфері — при кімнатній температурі до моменту доставки. При затримці понад кілька годин — +2…+8 °C, стабільність до 14 діб.

Секвенування нового покоління орального мікробіому в DIAGEN

Лабораторія DIAGEN виконує секвенування нового покоління мікробіому ротової порожнини на платформі Illumina MiSeq з ампліфікацією регіонів V3–V4 гена 16S рибосомальної РНК. Таксономічна класифікація — за базами eHOMD і SILVA.

Що містить висновок:

• Кількісний профіль: відносна рясність усіх виявлених таксонів до рівня виду.
• Клінічна інтерпретація за комплексами Socransky і маркерами GF-MoR 2024.
• Конкретні практичні рекомендації для лікаря — без «портретів сотень видів», лише клінічно значуща інформація.

Дослідження доступне у медичних центрах DIAGEN в Києві, Вишневому та Софіївській Борщагівці.

Питання та відповіді

Чим це відрізняється від стандартного мазка із зіва чи посіву з рота?

Посів показує тільки те, що виростає у лабораторії при доступі кисню — а більшість серйозних пародонтальних патогенів гине ще при транспортуванні. Секвенування нового покоління аналізує ДНК з будь-якого матеріалу, не потребує живих клітин і виявляє в сотні разів більше таксонів.

Чи може це дослідження замінити огляд стоматолога?

Ні. Клінічне зондування, рентгенографія та оцінка індексів залишаються базою. Мікробіомний аналіз доповнює, а не замінює — він дає об’єктивну відповідь там, де стандартне обстеження залишає неоднозначний результат.

Якщо лікар призначив курс антибіотиків — чи варто перед цим здавати аналіз?

Саме так. Протокол EFP S3 передбачає вибір антибіотика на основі мікробіологічного профілю. Без нього призначення — емпіричне, тобто «наосліп». При рефрактерному пародонтиті ставки надто високі для такого підходу.

Як готуватися до аналізу?

Не приймати антибіотики 4 тижні, пробіотики — 2 тижні. Напередодні ввечері — звичайне чищення без антисептичного ополіскувача. Вранці в день здачі — не їсти, не чистити зуби, не пити нічого окрім води за 2 години до забору.

Скільки чекати результату?

Зазвичай 10–14 робочих днів. Час обумовлений технологією секвенування і біоінформатичного аналізу, а не логістикою. Результат — не список видів, а клінічний звіт із конкретними рекомендаціями.

Чи можна замовити без направлення лікаря?

Так. Але результат ефективний тільки в руках спеціаліста — стоматолога або пародонтолога. Клінічна значущість мікробіомних знахідок без анамнезу і клінічних даних не інтерпретується.

Джерела

1. Socransky SS, Haffajee AD, Cugini MA et al. Microbial complexes in subgingival plaque. J Clin Periodontol. 1998;25(2):134–144.
2. Fernandes GVO, Mosley GA, Ross W et al. Revisiting Socransky’s complexes: updated bacterial clusters (GF-MoR) for periodontal and peri-implant diseases. Microorganisms. 2024.
3. Serroni M, Borgnakke WS, Romandini M et al. Periodontitis history as risk factor for implant failure and peri-implantitis: systematic review and meta-analysis. 2024.
4. Kotsakis GA, Ganesan SM. Peri-implantitis is not periodontitis. J Dent Res. 2025;104.
5. Herrera D, Sanz M, Kebschull M et al. Treatment of stage IV periodontitis: EFP S3 clinical practice guideline. J Clin Periodontol. 2022;49(Suppl 24):4–71.
6. Aimetti M, Mariani GM, Romandini M et al. Real-world effectiveness of EFP S3 guideline for stage IV periodontitis. J Clin Periodontol. 2026;53(1):70–83.
7. Duran-Pinedo AE, Solbiati J, Teles F et al. Long-term microbiome dynamics after scaling and root planing. J Clin Periodontol. 2022;49(11):1186–1200.
8. Bachtiar BM et al. Solobacterium moorei and volatile sulfur compounds in chronic periodontitis with halitosis. Saudi Dent J. 2022.
9. Ji M, Liu T, Wang Y et al. Microbial profiles in coronal vs. root caries: 16S+ITS study. Clin Oral Investig. 2025;29(4):255.
10. Li S, Liu J, Zhang J et al. Oral microbiota signatures in elderly diabetic patients with periodontitis. Aging. 2020;12(22):22813–22829.
11. Mehta SR et al. JP2 genotype of Aggregatibacter actinomycetemcomitans: systematic review and meta-analysis. J Periodontal Res. 2023;58(4):685–696.
12. Dominy SS, Lynch C, Ermini F et al. Porphyromonas gingivalis in Alzheimer’s disease brains. Sci Adv. 2019;5(1):eaau3333.
13. Кремзер О.О., Крайдашенко О.В., Проць М.М. Мікробіом кишечника: основи діагностики для збереження здоров’я. Запорізький медичний журнал. 2025;27(2):173–179. DOI: 10.14739/2310-1210.2025.2.322064